Luna's Blog

一个人，只要他够胖，哪怕他认真地在看书，都像在点菜.

windows下批量拷贝目录下所有文件夹中的指定文件

文件操作

主要是前段时间要从一个server上面拷贝一批数据，但是又不是linux，所以实验了一下windows下的批量拷贝；场景：测序的项目，每一个样本的数据都存放在各自的名称文件夹下，我需要下载一批数据的variant文件（.vcf），但是如果一个一个找，太麻烦了，会眼酸手酸，想偷一下懒；需求：肯定不能改动文件的名字，就是拷贝到一个文件中，方便后期的文件查看、转移和分析，简单的说的话就是把...

Posted by dulunar on September 17, 2019

使用Perl并行处理大文件

Perl处理文件

前言有时候会需要对大文件进行并行处理，但是perl中不像其他的语言，可以使用多线程，perl的多线程其实就是对文件进行切割；正文快速跳过对于文本文件,需要保证行的完整性，一种是快速跳过不需要的行： #!/usr/bin/perl -w use strict; no warnings 'recursion'; my $m=$ARGV[0]; #分成m份 my $l=$ARGV[...

Posted by dulunar on September 19, 2018

从NCBI-SRA和EBI-ENA数据库下载数据

下载测序数据

NCBI-SRA和EBI-ENA数据库 SRA数据库: Sequence Read Archive：隶属NCBI (National Center for Biotechnology Information)，它是一个保存大规模平行测序原始数据以及比对信息和元数据 (metadata) 的数据库，所有已发表的文献中高通量测序数据基本都上传至此，方便其他研究者下载及再研究。其中的数据则是通过...

Posted by dulunar on September 18, 2018

Linux下如何通过ssh到其他机器然后执行命令

Perl处理文件

前言最近遇到一个问题：申请到了学校的高性能服务器，但是很多软件没法自己安装，只能通过在Lab服务器上面跑完软件的分析，再转移到高性能上面运行自己写好的程序（因为Lab的服务器用的人太多，负载太高）。那么问题就来了，如果我想可以半自动的把流程走完，要如何操作，也就是在Linux下如何通过ssh到其他机器然后执行命令？配置比如Lab服务器lunar@10.192.176.2，高性能服...

Posted by dulunar on September 9, 2018

博客帖子模板

Example

前言正文参考： —— dulunar 后记于 2017.12

Posted by dulunar on December 26, 2017

Welcome to Jekyll!

welcome

You’ll find this post in your _posts directory. Go ahead and edit it and re-build the site to see your changes. You can rebuild the site in many different ways, but the most common way is to run je...

Posted by jekyll on December 4, 2017