Luna's Blog

一个人，只要他够胖，哪怕他认真地在看书，都像在点菜.

Perl中流程控制语句

Perl 流程

前言 因为习惯了使用Perl，所以一般写流程的时候就会习惯性的使用这个语言，这里说一下在流程编写过程中，Perl中的流程控制语句。 看到网上有一篇很详细的介绍，我就学习了一遍，然后搬运一下加点自己的理解保存。 骏马金龙https://www.cnblogs.com/f-ck-need-u/p/9511878.html 布尔值控制 在perl中，布尔值判断比较简单。 对于数字，0表示假，其...

Posted by dulunar on November 8, 2019

Perl Library getopts.pl

Perl Library

错误来源 在运行HLAreporter.v103的时候碰到一些问题，其中之一是缺少perl的一个脚本getopts.pl: Can't locate getopts.pl in @INC (@INC contains: /home/luna/perl5/lib/perl5/5.26.1/x86_64-linux-gnu-thread-multi /home/luna/perl5/lib/pe...

Posted by dulunar on November 8, 2019

Linux shell判断文件或文件夹是否存在

Linux Shell

前言 在写流程的时候，需要针对文件进行一下操作，一般在shell中会先对其进行判断； 代码 #shell判断文件夹是否存在 file=/path/of/file/aaaa folder=/path/of/folder #如果文件夹不存在，创建文件夹 if [ ! -d "$folder" ]; then mkdir -p $folder fi #shell判断文件,目录是否存在或者具...

Posted by dulunar on November 8, 2019

Linux shell中提取文件名和路径

Linux Shell

前言 有个软件叫HLAreporter，它真的搞人，基本上就是shell脚本联合起来的，关键是居然还有各种小问题，其中之一就是关于文件名和目录名这个，导致程序只能在软件本身的目录运行，然后各种bug，于是我就修改了一部分，里面对文件名和目录名进行了处理。通常的操作是由路径中提取出文件名，从路径中提取出目录名，提取文件后缀名，相对路径转换为绝对路径等等。 下面介绍几种方法进行相关的操作，这些...

Posted by dulunar on November 8, 2019

Perl中激活conda ENV

activate conda env

前言 有时候在使用某些软件的时候，需要激活conda的环境，如果在搭建pipeline的时候，一般都是在程序内部进行activate env。在这里我用的是Perl搭建pipeline的。 错误的activate 直接在Perl中 刚开始想的比较简单，认为和以前一样，直接activate： `conda activate hlaopti`; 但是不行，直接就报错了： # Activate...

Posted by dulunar on November 7, 2019

WSL中安装R包

R in WSL

前言 因为安装某些软件，需要用到devtools，但是很可惜，直接在WSL的ubuntu 18.04中，我的R的版本是R version 3.6.1 (2019-07-05)，无论使用非sudo用户或者sudo用户安装，都失败了： sudo R --no-save install.packages("devtools", repos="http://cran.r-project.org", ...

Posted by dulunar on November 6, 2019

fastq-dump并行版软件的使用

并行版fastq-dump

前言 “🙉🙉🙉 ” fastq-dump转换SRA文件到fastq文件很慢，因为这个程序只能单线程运行，在这个多核的时代，并行版本成为趋势； 但是无论怎么更新，先要打好基础，使用并行版本的前提一定要保证NCBI的fastq-dump可以在服务器上正常运行。 正文 首先安装Sratoolkit的最新版(v.2.9.2)： mkdir -p /path-to-Sratool...

Posted by dulunar on October 30, 2019

Windows10下的WSL的使用和ssh配置

Windows Subsystem for Linux

WSL介绍 WSL（Windows Subsystem on Linux），适用于 Windows 的 Linux 子系统，是微软和Canonical（Ubuntu 的母公司）共同开发的，在Windows 10后加入的功能，能够在Windows 10 系统中挂载一个Linux 系统，用起来不像虚拟机那样臃肿、开机缓慢、性能低下，是Windows使用者用来进阶使用Linux系统的一个不错的选择...

Posted by dulunar on October 14, 2019

Perl中的文件测试操作符

文件操作

内置函数文件操作 Perl中可以通过两个内置函数stat()，lstat()计算文件大小； my @stat = stat "/path/of/the/file/filename"; lstat()、stat()会返回一个13个元素的数组，每个元素有各自的含义： dev ：文件所属文件系统的设备ID inode ：文件inode号码 mode ：文件类型和文...

Posted by dulunar on September 20, 2019

Annovar各程序的功能 自建avdb 构建索引

annovar的使用

ANNOVAR的程序模块（本人目录） ├── annotate_variation.pl //annovar主程序，功能包括下载数据库，三种不同的注释 ├── annovar_index.pl //index构建的程序，对于染色体是第一列的文件有效，修改网上程序 ├── coding_change.pl //用来推断蛋白质序列的程序 ├── convert2annovar.pl ...

Posted by dulunar on September 20, 2019

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