Luna's Blog

一个人,只要他够胖,哪怕他认真地在看书,都像在点菜.

选刊站点

SCI

JANE Journal/ Author Name Estimator,最早的选刊网站之一。输入文章的标题,摘要,关键字等等,也可以输入全文进行选刊。网页:http://jane.biosemantics.org/ 。 其页面分为三个部分: 最左边代表了通过JANE系统对以往该期刊中的文章进行检索,计算出的该期刊与输入文章之间的相关性大小(Correlation); 中间搜索...

对参考序列FASTA文件的分析和处理的GATK工具

reference genome, GATK

GATK GATK (全称The Genome Analysis Toolkit)是Broad Institute开发的用于二代重测序数据分析的一款软件。在4.0以后,GATK包含有Picard工具集,所有Picard工具都能够使用GATK完成。 BaitDesigner 设计用于杂交捕获反应的寡核苷酸baits,设计用于杂交选择实验的custom bait sets gatk BaitD...

Ubuntu使用SMTP来发送邮件

ubuntu, mail

前言 这段时间因为Ubuntu 14.04 服务器一直被爆破登录,所以在服务器上设置了Fail2Ban,Fail2Ban进行预警并发送邮件进行提示,所以需要对mail进行设置。 安装mailx 刚开始想着直接安装mailx,可是却遇到出错: sudo apt install mailx err: Reading package lists... Done Building depende...

Ubuntu配置Fail2Ban防止SSH暴力破解与邮件预警

ubuntu, SSH, Fail2Ban

前言 今年以来,Ubuntu 14.04服务器一直被人使用SSH在进行暴力破解,甚至被进入系统,运行了挖矿和不知名的程序,所以还是需要配置一下防爆破措施,本来准备使用iptables来设置的,但是服务器用的人太多了,另外就是还有校外使用VPN的人在使用,通过搜索,发现Fail2Ban比较适合我们这种情况。 Fail2Ban Fail2Ban通过监视服务器的系统日志auth.log,然后匹配...

Ubuntu下命令TAB自动补全 complete使用

ubuntu, bash, complete

前言 在Ubuntu的shell命令行中,当输入字符后,按两次Tab键,shell会列出一输入字符打头的所有可用命令,如果匹配的命令只有一个时,按一次Tab键就自动将该命令补齐。 除了命令补全之外,还有路径、文件名、目录名补全,比如使用cd切换到指定的目录和ls查看指定的文件的时候,都是比较好用的。 介绍 一般ubuntu的终端都会提供自动补全的功能,但是不同的终端略有不同,有些系统一装...

karyoploteR 个性化的线性基因组可视化

r, genomes

karyoploteR 个性化的线性基因组可视化 karyoploteR: https://bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/karyoploteR/inst/doc/karyoploteR.html karyoploteR tutorial: https://bernatgel.github.io/karyoploter_tu...

cannot access gvfs Transport endpoint is not connected

ubuntu, storage

cannot access gvfs Transport endpoint is not connected 近期因为ubuntu服务器出现进不了系统的故障,在修复完以后,进入系统,输入命令: df -h #出现如下错误 df: ‘/run/user/1001/gvfs’: Transport endpoint is not connected Filesystem ...

bash cannot create temp file for here-document No space left on device

ubuntu, storage

bash cannot create temp file for here-document No space left on device 在Ubuntu下想使用Tab键进行文件的自动补全,出现错误代码: -bash: cannot create temp file for here-document: No space left on device 查找原因 出现这个报错的根本原因...

人类染色体简介

reference genome, human

人类染色体简介 染色体 染色体(chromosome,以下简称‘chr’)通常以细丝状存于细胞核内,如果将单一细胞内的染色体拉成直线,长度大约是1.83米(6英尺,1英尺=30.86公分)。 在人类个体的体细胞中,大多数人都有来自亲代的1到22对常染色体,再加上来自母亲的性染色体X,以及来自父亲的性染色体X或者Y,总共是46条(23对)染色体,每一条染色体都是遗传信息的载体。 每条染色...

GATK4进行变异检测是否可以多线程

GATK

本地跑GATK4的时候发现,它的参数设置中竟然没有多线程的参数,这和GATK3有点大不同,因为在GATK3中我们可以用-nt或者-nct来设定多线程运行,但是GATK4却没有类似的参数,这是为啥呢? 早有研究者问过GATK的团队,官方的回答简单粗暴,没有!如果要使用多线程来跑GATK4流程,那么就在本地节点配置好Spark,那样子就可以用GATK4中的Spark功能模块(比如: Haplo...