Luna's Blog

一个人，只要他够胖，哪怕他认真地在看书，都像在点菜.

Ubuntu配置Fail2Ban防止SSH暴力破解与邮件预警

ubuntu, SSH, Fail2Ban

前言 今年以来，Ubuntu 14.04服务器一直被人使用SSH在进行暴力破解，甚至被进入系统，运行了挖矿和不知名的程序，所以还是需要配置一下防爆破措施，本来准备使用iptables来设置的，但是服务器用的人太多了，另外就是还有校外使用VPN的人在使用，通过搜索，发现Fail2Ban比较适合我们这种情况。 Fail2Ban Fail2Ban通过监视服务器的系统日志auth.log，然后匹配...

Posted by dulunar on August 22, 2020

Ubuntu下命令TAB自动补全 complete使用

ubuntu, bash, complete

前言 在Ubuntu的shell命令行中，当输入字符后，按两次Tab键，shell会列出一输入字符打头的所有可用命令，如果匹配的命令只有一个时，按一次Tab键就自动将该命令补齐。 除了命令补全之外，还有路径、文件名、目录名补全，比如使用cd切换到指定的目录和ls查看指定的文件的时候，都是比较好用的。 介绍 一般ubuntu的终端都会提供自动补全的功能，但是不同的终端略有不同，有些系统一装...

Posted by dulunar on July 18, 2020

karyoploteR 个性化的线性基因组可视化

r, genomes

karyoploteR 个性化的线性基因组可视化 karyoploteR： https://bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/karyoploteR/inst/doc/karyoploteR.html karyoploteR tutorial： https://bernatgel.github.io/karyoploter_tu...

Posted by dulunar on July 17, 2020

cannot access gvfs Transport endpoint is not connected

ubuntu, storage

cannot access gvfs Transport endpoint is not connected 近期因为ubuntu服务器出现进不了系统的故障，在修复完以后，进入系统，输入命令： df -h #出现如下错误 df: ‘/run/user/1001/gvfs’: Transport endpoint is not connected Filesystem ...

Posted by dulunar on July 17, 2020

bash cannot create temp file for here-document No space left on device

ubuntu, storage

bash cannot create temp file for here-document No space left on device 在Ubuntu下想使用Tab键进行文件的自动补全，出现错误代码： -bash: cannot create temp file for here-document: No space left on device 查找原因 出现这个报错的根本原因...

Posted by dulunar on July 17, 2020

人类染色体简介

reference genome, human

人类染色体简介 染色体 染色体（chromosome，以下简称‘chr’）通常以细丝状存于细胞核内，如果将单一细胞内的染色体拉成直线，长度大约是1.83米（6英尺，1英尺=30.86公分）。 在人类个体的体细胞中，大多数人都有来自亲代的1到22对常染色体，再加上来自母亲的性染色体X，以及来自父亲的性染色体X或者Y，总共是46条（23对）染色体，每一条染色体都是遗传信息的载体。 每条染色...

Posted by dulunar on April 9, 2020

GATK4进行变异检测是否可以多线程

GATK

本地跑GATK4的时候发现，它的参数设置中竟然没有多线程的参数，这和GATK3有点大不同，因为在GATK3中我们可以用-nt或者-nct来设定多线程运行，但是GATK4却没有类似的参数，这是为啥呢？ 早有研究者问过GATK的团队，官方的回答简单粗暴，没有！如果要使用多线程来跑GATK4流程，那么就在本地节点配置好Spark，那样子就可以用GATK4中的Spark功能模块（比如： Haplo...

Posted by dulunar on December 29, 2019

对Perl程序源代码进行编译与加密

Perl, source code

前言 一直以来，写了一些基于Perl的实用脚本，但是会传播扩散，这样子后期如果被随意篡改或者售卖造成一些纠纷，于是需要对一些Perl程序源代码进行编译和加密的处理。 解决方法 现在常用的方法有三个：使用Perl自带的perlcc工具、perl2exe、PAR(Perl Archive Toolkit)； 安装上面的这些模块，我一般使用cpanm进行安装，这是因为cpanm是安装Perl ...

Posted by dulunar on December 29, 2019

通过VCF文件制作定制化的参考基因组

reference genome, VCF

前言 最近做的项目要对reference genome基于突变进行一些modify，制作personalized genome或者说是psuedo-genome伪基因组。其实就是把某个测序样本call出来的SNP && indel替换掉参考基因组对应位置的碱基。 自己可以编写脚本修改，使用Perl中的substr来进行单个位点修改，把坐标按照从后往前的顺序，而不是从前到后。 ...

Posted by dulunar on December 19, 2019

ThinkPad x230s开机无法进入系统

ThinkPad, boot

前言 机器重装系统后，发现ThinkPad开机就一直停留在boot menu界面，选择任何一个硬盘，也还是进不了系统。 解决方法 下面介绍两个解决的方法，以备只需。 BIOS设置 开机点击F1进入到bios界面； 进入Security—>Secure Boot—>Disabled； 如果不修改Secure boot选项为Disabled，在光驱引导时可能会出现报错...

Posted by dulunar on December 9, 2019

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