物种基因组大小查询

前言

基因组是一个生物体所包含的DNA里的全部遗传信息，精确来讲，一个生物体的基因组是指一套染色体中的完整的DNA序列。比如，人类个体体细胞中的二倍体由两套染色体组成，其中一套染色体的DNA序列就是一个基因组。而基因组大小是一个物种单倍体基因组中的全部DNA碱基对的总和。

分子生物学研究的基础是物种的基因组信息，物种基因组大小与该物种生物形态的复杂性呈现一定的相关性。那么该如何查询物种的基因组大小呢？

下面提供一些数据库以供查询基因组大小。

NCBI Genome 物种名

NCBI上进行物种基因组信息搜索是目前最常见，也是信息较全的一种方法，进入NCBI网页后（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ ），选择Genome库，输入物种名进行搜索。

输入human进行搜索，结果如下图： ncbi genome

可以通过点击“Genome Assembly and Annotation report”进入，在表格中可以看到human目前已有的组装版本，以及对应的基因组大小、染色体情况、注释的基因和蛋白数量等信息。

点击“Assembly”中的组装结果，例如GCA_000001405.28，可以查看该版本组装结果，在该页面中将展示物种在这一版本组装的详细信息，包括提交单位、物种名、提交时间、组装方法、组装水平，以及最终获得的组装大小和N50指标。

可以点击进入查看：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/GCA_000001405.28

使用该方法到ncbi进行搜索，需要数据已经提交到ncbi中，为了进行分类检索，也可以选择在“Browse By Organism”中进行检索：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/browse#!/overview/ ，其中将基因组数据分为了真核生物、原核生物、病毒、质体以及细胞器六大类。

其他数据库

下面介绍一些专门用来查询基因组大小的网站：

植物基因组大小数据库：

https://cvalues.science.kew.org/

https://plabipd.de/index.ep

动物基因组大小数据库：

http://www.genomesize.com/

水稻基因组数据库：

https://shigen.nig.ac.jp/rice/oryzabase/

玉米基因组数据库：

https://www.maizegdb.org/

斑马鱼数据库：

http://www.sanger.ac.uk/science/data/zebrafish-genome-project

真菌基因组大小数据库：

http://www.zbi.ee/fungal-genomesize/

							—— dulunar 后记于 2020.10

genome size database

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