Perl 生信 数据结构

使用Perl并行处理大文件

Perl处理文件

Posted by dulunar on September 19, 2018 | 访问量： 次

前言

有时候会需要对大文件进行并行处理，但是perl中不像其他的语言，可以使用多线程，perl的多线程其实就是对文件进行切割；

正文

快速跳过

对于文本文件,需要保证行的完整性，一种是快速跳过不需要的行：

#!/usr/bin/perl -w
use strict;
no warnings 'recursion';
my $m=$ARGV[0];  #分成m份
my $l=$ARGV[1];  #第l份
my $file="test1.txt";
my $line=`wc -l $file`;
my ($linenum)=$line=~/(\d+)/;
my $linenum=10 if(!($linenum));
my $n=int($linenum/$m);  #每份做n行
open  READ, "$file" || die $!;
my $i=0;
while (<READ>) { 
	if ($i>=($l-1)*$n){&doit();}
	$i++;
	last if ($i>=$l*$n || $i>linenum)
}
sub doit(){
	print $_;
}
close READ;

使用seek

好一点的办法是使用seek，但是需要处理不完整行，可以让前一个进程多处理一行，后一个进程少处理一行：

#!/usr/bin/perl -w
use strict;
no warnings 'recursion';
my $m=$ARGV[0];  #分成m份
my $l=$ARGV[1];  #第l份
my $file="test1.txt";
my @args = stat  $file;
my $size = $args[7];
my $n=int($size/$m);   #每份做nbytes
open READ, "<$file" || die $!;
seek READ,(($l-1)*$n),0;#非第一份，少读第一行
if($l>1){
	my $tmpline = <READ>;
}

while (<READ>) { 
	&doit();
	my $position = tell(READ);
	last if ($position> $l*$n || $position>=$size); #多读一行 
}

sub doit(){
	print $_;
}
close READ;

Perl大文件读取处理模块 Tie-File

perl CPAN里面的 Tie-File 模块极大方便了对大文件的操作。该模块用perl的数组代表一个文件，文件的每一行对应数组的一个元素，第一行为元素0，第二回为1，… 文件本身实际并不加载到内存，对数组元素的操作立刻作用到文件里。

最大的方便是可以任意指定处理开头结尾的某几行。

* Tie-File* 模块的基本用法：

#!/usr/bin/perl -w
use strict;
no warnings 'recursion';
use Tie::File;
tie @array, 'Tie::File', filename or die ...;
$array[13] = 'blah';     # line 13 of the file is now 'blah'
print $array[42];        # display line 42 of the file
$n_recs = @array;        # how many records are in the file?
$#array -= 2;            # chop two records off the end
foreach (@array) {
	s/PERL/Perl/g;    # Replace PERL with Perl everywhere in the file
}
# These are just like regular push, pop, unshift, shift, and splice
# Except that they modify the file in the way you would expect
push @array, new recs...;
my $r1 = pop @array;
unshift @array, new recs...;
my $r2 = shift @array;
@old_recs = splice @array, 3, 7, new recs...;
untie @array;            # all finished

Perl中的Thread​模块

Perl线程

						—— dulunar 后记于 2017.12
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