Luna's Blog

一个人，只要他够胖，哪怕他认真地在看书，都像在点菜.

ggplot2中使用上标下标

R

前言 library(ggplot2) qplot(uptake, data = CO2) + xlab(bquote('Assimilation ('*mu~ 'mol' ~CO[2]~ m^-2~s^-1*')')) ​ References ggplot2中的上标和下标轴标签 R中ggplot2中的上标和下标轴标签 ggplot2给标签添加上下标 ggplot2绘图...

Posted by dulunar on July 14, 2022

Perl操作配置文件

Perl

前言 在选择’配置文件’的时候,有多个选择：XML、ini、JSON、YAML、还有就是’自定义’一种 ini配置文件： python相关 yml配置文件： docker、’k8s’相关 xml配置文件： java、’tomcat’ json配置文件：当前’标准数据格式’

Posted by dulunar on July 11, 2022

R画图时局部压缩坐标轴

R

前言 ​ 用 R 画图的时候，如果 y 轴存在个别非常大或非常小的值，或者当中的数值存在非常大差异的时候，画出的图很容易产生误导效果，使人忽略当中某一部分信息。 ​ 比如，下面这张 GWAS 曼哈顿图中（来自https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1006594.g001 ），y 轴的值是由每一个 SNP 进行关联分析算出的 p 值再进行 -log10(P...

Posted by dulunar on July 2, 2022

pip install第三方包的要点

Python

前言 默认pip是使用Python官方的源，但是由于国外官方源经常被墙，导致不可用，我们可以使用国内的python镜像源，从而解决 Python 安装不上库的烦恼。 解决方法 关键命令： pip install --user primer3-py -i http://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/ --trusted-host mirrors.aliyun....

Posted by dulunar on May 4, 2022

Linux 好玩的小命令

Linux

前言 linux，对于新人而言，那漆黑神秘的命令框，仿佛一片黑暗森林，置身其中很难不感受到迷惘与枯燥疲乏，所以适时的在学习中寻找快乐非常必要哈！linux命令行不只是枯燥的命令输入和输出，本文介绍一下好玩的命令。 输出图形字符 banner 安装和使用： sudo apt-get install sysvbanner banner Hello banner后接想打印的字符，便会出现图...

Posted by dulunar on December 20, 2021

R数据可视化5:热图Heatmap

Linux, R, Statistics

什么是热图(Heatmap) 热图是一个以颜色变化来显示矩阵中的数值，生物学中热图经常用于展示多个基因在不同样本中的表达水平，然后可以通过聚类等方式查看不同组（如疾病组和对照组）特有的pattern（如CNV）。另外，热图还可以用于展示微生物的相对丰度、代谢组不同物质的含量等等。热图的另一个重要用处就是展现不同指标、不同样本等之间的相关性。热图因其丰富的色彩变化和生动饱满的信息表达被广泛应用...

Posted by dulunar on June 19, 2021

Markdown数学公式语法

Markdown, formula

PS： $ 符号在本文中代表界定，实际写公式的时候不需要； 行内与独行 行内公式：将公式插入到本行内，符号：$公式内容$，如：$xyz$ 独行公式：将公式插入到新的一行内，并且居中，符号：$$公式内容$$，如：\(xyz\) 上标、下标与组合 上标符号，符号：^，如：$x^4$ 下标符号，符号：_，如：$x_1$ 组合符号，符号：{}，如：${16}{8}O...

Posted by dulunar on June 18, 2021

基于R语言的数据分析中的描述性统计

Linux, R, Statistics

描述性统计包含多种基本描述统计量，让用户对于数据结构可以有一个初步的认识。 在此所提供之统计量包含： 基本信息：样本数、总和 集中趋势：均值、中位数、众数 离散趋势：方差(标准差)、变异系数、全距(最小值、最大值)、内四分位距(25%分位数、75%分位数) 分布描述：峰度系数、偏度系数。 1. 详细介绍 1.1 样本数和总和 R语言涉及的方法： length(x) 1.2 均值(Me...

Posted by dulunar on June 3, 2021

重新安装老版R下已安装的R包

Linux, R

前言 Linux上的R是3.6.2版本的，我另外使用conda也搭建了一个R_env，以防止和以前安装的混了，最近自动更新了R_env的R到4.0.3版本，导致原来的R_env下的R包出现问题，提示重装： Package ‘XXX’ was installed before R 4.0.1: please re-install it 解决方案 R都更新了，那就把以前安装的尽量重装： # ...

Posted by dulunar on May 19, 2021

Linux安装R包时窗口抓取失败

Perl, R

前言 在Linux上的R中install.packages时，经常会出现窗口抓取失败的情况，如下： > install.packages("ggplot2") Installing package into ‘/home/luna/Desktop/Software/RSoft/lib64/R/library’ (as ‘lib’ is unspecified) --- Please s...

Posted by dulunar on May 18, 2021

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